2009年中科院组织专家对数理、地学领域40个院重点实验室进行了评估。我所脊椎动物进化系统学重点实验室位居地学领域院重点实验室第二名，被评为中科院A类重点实验室。

      数理领域和地学领域各有20个院重点实验室参加此次评估，分别由基础科学局和资源环境科学与技术局组织。

      在承担国家和部门项目方面，数理领域有8个实验室五年经费超过亿元，实验室为第一负责单位承担973项目9项。地学领域有6个实验室五年经费超过亿元，实验室为第一负责单位承担973项目7项。

      在科技成果成果方面，数理领域的实验室取得了大量优秀成果，20个实验室五年间共获得18项国家自然科学奖和科技进步奖二等奖以上的奖项，其中包括一项国家科技进步特等奖。地学领域20个实验室五年期间共获得25项国家自然科学奖和科技进步奖二等奖以上的奖项，发表了大量高水平的论文，我所脊椎动物进化系统学重点实验室近五年发表科研论文350 篇，其中22篇发表于《Nature》和《Science》等国际顶尖学术刊物上，成果居地学领域实验室前列。

      在人才队伍建设方面，数理领域20个实验室拥有33名院士、71名杰出青年基金获得者、9个基金委创新群体。地学领域20个实验室拥有19名院士、42名杰出青年基金获得者、78名“百人计划”人才、近10名全国百篇优秀博士论文获得者。